El templo funerario de Hatshepsut, llamado Dyeser-dyeseru (el sagrado de los sagrados), se edificó en Deir el-Bahari, cerca del conjunto funerario de Mentuhotep II. Senenmut, el intendente de Amón, arquitecto de Hatshepsut y tutor de la hija de la reina, se inspiró en el templo cercano, pero lo dotó de una terraza más y de todos los elementos de los antiguos templos funerarios. Desde el templo de valle, cerca del Nilo, una avenida de esfinges con el rostro de la reina-faraón conectaba con el templo funerario. De un jardín con palmeras, sicomoros y estanques, partía la rampa de acceso a la primera terraza. Otra rampa llevaba a la segunda terraza, donde había dos capillas laterales. Una de ellas estaba dedicada a Hathor y la otra a Anubis, divinidad funeraria.
En las paredes se representaron relieves de una expedición al país del Punt, el transporte de dos obeliscos desde Asuán hasta Karnak y el nacimiento divino de Hatshepsut, que legitimaba su ascenso al trono. El nombre moderno de Deir el-Bahari, que significa “el monasterio del norte”, se debe a que sobre sus ruinas se estableció una comunidad copta en época cristiana.
Hatshepsut eligió para construir su templo el impresionante anfiteatro rocoso existente en la orilla oeste de Tebas, frente al gran templo de Amón en Karnak, situado al otro lado, en la orilla este. La zona estaba dedicada a una antigua diosa Hathor como vaca celestial, que posteriormente se unió a la Hathor Señora de Occidente, relacionada además con la diosa de la fertilidad.
La zona se redescubrió en el siglo XVIII, en que se realizaron esbozos del lugar. Posteriormente, fue visitado por Rosellini y Champollion. El primero en excavar fue Mariette, entre 1858 y 1866, dedicándose sobre todo a parar el expolio. Cuando Édouard Naville en 1891 y después Herbert Winlock y Émile Baraize, desde 1910 a 1937, lo sacaron a la luz, solamente era un montón de ruinas dispersas. Gracias a los trabajos realizados por la misión polaco-egipcia a partir de 1961 ha sido posible su reconstrucción.
